La Iglesia de la Compañía fue inaugurada durante 1573, sin embargo, debido a un sismo la estructura fue destruida debiendo ser reconstruida durante el siglo XVII tarea que se les asignó a los Jesuitas. Actualmente se ubica entre las calles Álvarez Thomas y General Morán, de cara a la Plaza de Armas.
La iglesia es conocida también como la Capilla Sixtina de Arequipa, debido a los trabajos hechos con colores, motivos y espíritu propio por los artistas indígenas. En cuanto a la estructura de la Iglesia, ésta cuenta con dos plantas, tales como las tradicionales iglesias europeas. Otros detalles destacados del interior del sitio son las bóvedas de medio punto y los altares que derrochan ornamentación y lujo con mucho uso del barroco y el mestizo, donde se incorporan los dorados y más de 60 lienzos de la escuela cuzqueña.
Los horarios y días de visitas son de lunes a domingos de 9:00 a 11:00 horas y de 15:00 a 18:00 horas.