Hoy en día, forma parte de un centro artesanal, que tiene sede allí, además también posee un convento, que puede ser visitado de lunes a sábados de 9:00 a 12:30 horas y de 15:00 a 17:00 horas. La Iglesia se encuentra ubicada en la primer cuadra de la calle Zela y los horarios de visita son de lunes a sábados de 7:00 a 9:00 horas y de 17:00 a 20:00 horas.
El diseño original estuvo a cargo del arquitecto Gaspar Báez en 1569. Éste primer diseño comprendía una bóveda y un santuario con cúpula. Sin embargo, luego del terremoto de 1687, ésta fue reconstruida, siendo ampliada y retocada. Durante 1960, San Francisco fue el encargado de realizarse a la construcción algunos retoques para que ésta conservara el estilo barroco original que le había dado Báez.
Actualmente sus claustros son parte de un complejo de la orden franciscana, el convento, el templo menos de la Tercera Orden y la Plaza de San Francisco, en cuanto al interior de la Iglesia, se destaca la inmensa biblioteca, que resguarda más de 20 mil volúmenes y una inmensa pino teca.